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研究分野
研究室概要
生命現象には蛋白質やRNAなど様々な分子が関わっている。これらが織りなすダイナミックな構造変化に起因する分子メカニズムを原子レベルで明らかとすべく,新たな研究手法を組み合わせた構造生物学的解析による基盤研究・教育を行う。
学術論文
"Cleavage cascade of the sigma regulator FecR orchestrates TonB-dependent signal transduction ," bioRxiv, 8 Jan. 2025
Tatsuhiko Yokoyama, Ryoji Miyazaki, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Hiroki Nagai, Tomoya Tsukazaki, Tomoko Kubori, Yoshinori Akiyama
[ doi:10.1101/2025.01.06.631622 ]
"Structural basis of lipopolysaccharide translocon assembly mediated by the small lipoprotein LptM," bioRxiv, 4 Jan. 2025
Ryoji Miyazaki, Mai Kimoto, KOHGA Hidetaka, Tomoya Tsukazaki
[ doi:10.1101/2025.01.03.631273 ]
"AFM observation of protein translocation mediated by one unit of SecYEG-SecA complex," Nature Communications, vol.16, pp255, Jan. 2025
Yui Kanaoka, Takaharu Mori, Wataru Nagaike, Seira Itaya, Yuto Nonaka, KOHGA Hidetaka, Takamitsu Haruyama, Yasunori Sugano, Ryoji Miyazaki, Muneyoshi Ichikawa, Takayuki Uchihashi, Tomoya Tsukazaki
[ doi:10.1038/s41467-024-54875-x ]
"Translation arrest cancellation of VemP, a secretion monitor in Vibrio, is regulated by multiple cis- and trans-factors, including SecY," Journal of Biological Chemistry, Sep. 2024
Yuki Ikeda, Ryoji Miyazaki, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori
[ NAISTレポジトリ ] [ doi:10.1016/j.jbc.2024.107735 ]
"YeeD is an essential partner for YeeE-mediated thiosulfate uptake in bacteria and regulates thiosulfate ion decomposition," PLOS Biology, vol.22, ppe3002601, Apr. 2024
Mai Ikei, Ryoji Miyazaki, Keigo Monden, Yusuke Naito, Azusa Takeuchi, Yutaro S. Takahashi, Yoshiki Tanaka, Keina Murata, Takaharu Mori, Muneyoshi Ichikawa, Tomoya Tsukazaki
[ doi:10.1371/journal.pbio.3002601 ]
"Structure and function of a YeeE-YeeD complex for sophisticated thiosulfate uptake," bioRxiv, Jul. 2023
Mai Ikei, Ryoji Miyazaki, Keigo Monden, Yusuke Naito, Azusa Takeuchi, Yutaro S. Takahashi, Yoshiki Tanaka, Takaharu Mori, Muneyoshi Ichikawa, Tomoya Tsukazaki
[ doi:10.1101/2023.07.28.550924 ]
"Analyzing protein intermediate interactions in living E. coli cells using site-specific photo-crosslinking combined with chemical crosslinking ," STAR Protocols, vol.4, no.2, pp102178-102178, Jun. 2023
Ryoji Miyazaki, Yoshinori Akiyama
[ doi:10.1016/j.xpro.2023.102178 ]
"Critical residues of the antibiotic peptide LysM that inhibits lipid II flipping," bioRxiv, May. 2023
甲賀 栄貴, Napathip Lertpreedakorn, Ryoji Miyazaki, Tomoya Tsukazaki
[ doi:10.1101/2023.05.22.541694 ]
"Inner membrane YfgM–PpiD heterodimer acts as a functional unit that associates with the SecY/E/G translocon and promotes protein translocation," Journal of Biological Chemistry, vol.298, no.11, pp102572, Sep. 2022
Ryoji Miyazaki, Mengting Ai, Natusko Tanaka, Takehiro Suzuki, Naoshi Dhomae, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori
"A photo-crosslinking approach to monitor assembly of an LptD intermediate with LptE in a living cell.," Lipopolysaccharide Transport-Methods and Protocols, Methods Mol. Biol., vol.2548, pp97-107, Aug. 2022
Ryoji Miyazaki, Mori Hiroyuki, Akiyama Yoshinori
[ doi:10.1007/978-1-0716-2581-1_7. ]
"Edge-strand of BepA interacts with immature LptD on the β-barrel assembly machine to direct it to on- and off-pathways," eLife, vol.10, ppe70541, 31 Aug. 2021
Ryoji Miyazaki, Tetsuro Watanabe, Kohei Yoshitani, Yoshinori Akiyama
[ doi:10.7554/eLife.70541 ]
受賞
所属学協会
資料

塚崎 智也

職位 教授
領域 バイオサイエンス領域 統合システム生物学分野
研究室 構造生命科学

生命現象には蛋白質やRNAなど様々な分子が関わっている。これらが織りなすダイナミックな構造変化に起因する分子メカニズムを原子レベルで明らかとすべく,新たな研究手法を組み合わせた構造生物学的解析による基盤研究・教育を行う。

北野 健

職位 助教
領域 バイオサイエンス領域 統合システム生物学分野
研究室 構造生命科学

生命現象には蛋白質やRNAなど様々な分子が関わっている。これらが織りなすダイナミックな構造変化に起因する分子メカニズムを原子レベルで明らかとすべく,新たな研究手法を組み合わせた構造生物学的解析による基盤研究・教育を行う。

甲賀 栄貴

職位 助教
領域 バイオサイエンス領域 統合システム生物学分野
研究室 構造生命科学

生命現象には蛋白質やRNAなど様々な分子が関わっている。これらが織りなすダイナミックな構造変化に起因する分子メカニズムを原子レベルで明らかとすべく,新たな研究手法を組み合わせた構造生物学的解析による基盤研究・教育を行う。