山中 優

所属 研究推進機構 研究推進部門
職位 URA
学位
研究室 産官学連携推進部門
研究キーワード
センサー蛋白質, ヘム蛋白質, 蛋白質工学, バイオナノマシン, 蛋白質超分子, 蛋白質デザイン, 蛋白質科学
研究分野
ナノテク・材料 / 生体化学 / , ナノテク・材料 / ナノバイオサイエンス / , ライフサイエンス / 応用生物化学 /
研究室概要
学術論文
"3D Domain Swapping of Azurin from Alcaligenes xylosoxidans," Metallomics , vol.12(3), pp337-345, 1 Mar. 2020
Robby Noor Cahyono, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Naoki Shibata
"Protein surface charge effect on 3D domain swapping in cells for c-type cytochromes," BBA Proteins and Proteomics, vol.1867, pp140265, 19 Aug. 2019
Hongxu Yang, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Kazuma Yasuhara, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi
[ doi:10.1016/j.bbapap.2019.140265 ]
"Domain-Swapping Design by Polyproline Rod Insertion," Chembiochem, 15 May. 2019
Shota Shiga, Masaru Yamanaka, Wataru Fujiwara, Shun Hirota, Shuichiro Goda, Koki Makabe
"Conferment of CO-controlled Dimer–Monomer Transition Property to Thermostable Cytochrome c' by Mutation in the Subunit–Subunit Interface," Bull. Chem. Soc. Jpn. , vol.92(3), pp702-709, 11 Jan. 2019
Masaru Yamanaka, Ryoko Nakayama, Sotaro Fujii, Satoshi Wakai, Yoshihiro Sambongi
[ NAISTレポジトリ ]
"Construction of a Triangle-Shaped Trimer and a Tetrahedron Using an α-Helix-Inserted Circular Permutant of Cytochrome c555," Chem. Asian J., vol.13(10), pp1229-1229, 18 May. 2018
Akiya Oda, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Ikki Ueda, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
[ NAISTレポジトリ ]
"Oxidative Modification of Methionine80 in Cytochrome c by Reaction with Peroxides," J. Inorg. Biochem., vol.182, pp200-207, May. 2018
Ari Dwi Nugraheni, Ren Chunguang, Yorifumi Matsumoto, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Shun Hirota
[ NAISTレポジトリ ]
"Stabilization of mesophilic Allochromatium vinosum cytochrome c' through specific mutations modeled by a thermophilic homologue.," Biosci. Biotechnol. Biochem, vol.82(2), pp304-311, 18 Jan. 2018
Daisuke Yamane-Koshizawa, Sotaro Fujii, Takahiro Maruno, Yuji Kobayashi, Masaru Yamanaka, Satoshi Wakai, Yoshihiro Sambongi
"タンパク質ドメインスワッピングの構造・機構解析," ぶんせき2017年10月号, pp464-467, 2017.10
廣田 俊, 長尾 聡, 山中 優
"Rational Design of Domain-Swapping-Based c-Type Cytochrome Heterodimers by Using Chimeric Proteins ," ChemBioChem, vol.18, pp1712-1715, 5 Sep. 2017
Mohan Zhang, Tsukasa Nakanishi, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Sachiko Yanagisawa, Yasuhito Shomura, Naoki Shibata, Takashi Ogura, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
[ NAISTレポジトリ ]
"Structural and Functional Insights into Thermally Stable Cytochrome c' from a Thermophile," Protein Science , vol.26, pp737-748, Apr. 2017
Sotaro Fujii, Hiroya Oki, Kazuki Kawahara, Daisuke Yamane, Masaru Yamanaka, Takahiro Maruno, Yuji Kobayashi, Misa Masanari, Satoshi Wakai, Hirofumi Nishihara, Tadayasu Ohkubo, Yoshihiro Sambongi
"Formation and Carbon Monoxide-Dependent Dissociation of Allochromatium vinosum Cytochrome c’ Oligomers Using Domain-Swapped Dimers," Protein Science , vol.26, pp464-474, Mar. 2017
Masaru Yamanaka, Makoto Hoshizumi, Satoshi Nagao, Ryoko Nakayama, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
[ NAISTレポジトリ ]
"Difference in NaCl Tolerance of Membrane-bound 5'-nucleotidases Purified from Deep-sea and Brackish Water Shewanella Species," Extremophiles, vol.21, pp357-368, Mar. 2017
Takaaki Kuribayashi, Sotaro Fujii, Misa Masanari, Masaru Yamanaka, Satoshi Wakai, Yoshihiro Sambongi
"ドメインスワッピング機構によるタンパク質超分子化," 化学と生物 5月号, vol.54, 2016.5.20
山中 優, 廣田 俊
"Domain swapping oligomerization of thermostable c-type cytochrome in E. coli cells.," Sci. Rep., vol.6, pp19334, 3 Feb. 2016
Yugo Hayashi, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Hirofumi Komori, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota
[ NAISTレポジトリ ]
"Oligomerization Enhancement and Two Domain Swaping Mode Detection for Thermostable Cytochrome C552 by Elongation of the Major Hinge Loop," Mol. Biosyst. , vol.11, pp3218-3221, 30 Sep. 2015
Ren C, Nagao S, Yamanaka M, Komori H, Shomura Y, Higuchi Y, Hirota S
[ NAISTレポジトリ ]
"Effect of a Procaspase-activating Compound on the Catalytic Activity of Mature Caspase-3," Bulletin of the Chemical Society of Japan, vol.88, pp1221-1229, 15 Sep. 2015
Takashi Matsuo, Keita Yamada, Masaya Ishida, Yoshiyuki Miura, Masau Yamanaka, Shun Hirota
"Change in Structure and Ligand Binding Properties of Hyperstable Cytrochrome c555 from Aquifex aeolicus by Domain Swapping," Protein Science, vol.24, pp366-375, Mar. 2015
Yamanaka M, Nagao S, Komori H, Higuchi Y, Hirota S
[ NAISTレポジトリ ]
"DNA Cleavage by Oxymyoglobin and Cysteine-Introduced Metmyoglobin Deshpande," Chem. Commun., vol.50, pp15034-15036, 10 Oct. 2014
Megha S, Junedi S, Prakash H, Nagao S, Yamanaka M, Hirota S
"Formation of Domain-Swapped Oligomer of Cytochrome c from Its Molten Globule State Oligomer," Biochemistry, vol.53, pp4696-4703, 30 Jun. 2014
Deshpande, M. S., Parui, P. P., Kamikubo, H., Yamanaka, M., Nagao, S., Komori, H., Kataoka, M., Higuchi, Y., Hirota, S.
"High Stability of Apo-Cytochrome c' from Thermophilic Hydrogenophilus thermoluteolus," Biosci. Biotechnol. Biochem., May. 2014
Fujii S, Masanari M, Yamanaka M, Wakai S, Sambongi Y
"High Thermal Stability and Unique Trimer Formation of Cytochrome c' from Thermophilic Hydrogenophilus thermoluteolus," Biosci Biotechnol Biochem., vol.77, no.8, pp1677-1681, 23 Aug. 2013
Fujii S, Masanari M, Inoue H, Masaru Yamanaka, Wakai S, Nishihara H, Sambongi Y
"Structural Basis for the Transcriptional Regulation of Heme Homeostasis in Lactococcus lactis," J Biol Chem, vol.287, pp30755, Aug. 2012
Sawai H, Yamanaka M, Sugimoto H, Shiro Y, Aono S
受賞
"BCSJ award," Chemical Society of Japan, 2015.9.15
松尾 貴史, Keita Yamada, Masaya Ishida, Yoshiyuki Miura, 山中 優, 廣田 俊
所属学協会
日本農芸化学会
日本化学会
日本蛋白質科学会
資料

西條 雄介

職位 教授
領域 バイオサイエンス領域 植物科学分野
研究室 植物免疫学

植物の免疫制御メカニズム及び植物を宿主とする微生物の感染戦略、 さらには植物の微生物共生を介した環境適応戦略について分子レベルで解明するための研究・教育を行う。

峠 隆之

職位 准教授
領域 バイオサイエンス領域 植物科学分野
研究室 植物二次代謝

自然界に広く存在する植物二次代謝物の構造多様性について種間比較解析を行い、 オミクス統合解析などにより有用代謝物産生に関わる遺伝子群の解明を行う機能ゲノミクス研究、 およびそれに関わる研究・教育を行う。

笹川 清隆

職位 准教授
領域 物質創成科学領域 基幹研究室
研究室 光機能素子科学

人工視覚や脳内埋植デバイスなど、 バイオ医療応用に向けた先端半導体技術と光技術を融合したフォトニックデバイスの創出を目指して、光ナノサイエンス技術の実験と理論の両面から研究・教育を行う。

久保 浩三

職位 特任教授
領域 研究推進機構 研究推進部門
研究室 産官学連携推進部門

菊地 則義

職位 特任教授
領域 研究推進機構 研究推進部門
研究室 産官学連携推進部門

CASTILLO VIRGIL CHRISTIAN GARCIA

職位 博士研究員
領域 研究推進機構 研究推進部門
研究室 産官学連携推進部門

太田 淳

職位 理事・副学長
領域 役員会
研究室 役員